小樽市指定歴史的建造物第59号でもある本堂は、およそ120畳の広さを有しており、年三回の法要はこの本堂で行われているほか、坐禅会などの諸行事でも使用されます。須弥壇の上にはご本尊であるお釈迦様、本堂の両序には観音様、地蔵様が奉られております。本堂の天井は絵天井となっており、両山紋や色とりどりの絵画が描かれております。
 また、本堂の裏は開山堂となっており、歴代住職の位牌が奉られております。