徳源寺のクロマツ３本、イチョウ３本の計６本が小樽市より保存樹木として指定されております。保存樹に指定されているクロマツは２本が龍神堂裏の傾斜地にあり、１本が地蔵堂横にありますが、地蔵堂横のクロマツは推定樹齢250年以上とされています。
 保存樹に指定されているイチョウは、本堂階段前の両脇に１本ずつ、庫裡横に１本あります。本堂階段前左側のイチョウは、２本の木が並行しておりますが、途中でつながっていることから夫婦（めおと）イチョウと呼ばれており、縁起の良い木として知られています。