小樽市指定歴史的建造物第59号でもある本堂は、およそ120畳の広さを有しており、年三回の法要はこの本堂で行われているほか、坐禅会などの諸行事でも使用されます。須弥壇の上にはご本尊であるお釈迦様、本堂の両序には観音様、地蔵様が奉られております。本堂の天井は絵天井となっており、両山紋や色とりどりの絵画が描かれております。
 また、本堂の裏は開山堂となっており、歴代住職の位牌が奉られております。

 昭和62（1987）年に新築された庫裡に併設されました。雪が多い北海道において、冬季は墓参ができないことから、納骨堂にご遺骨を納められている檀信徒様も多く、通年お参りが可能となっております。
　全ての納骨堂には、一仏両祖掛軸、ロウソク立て（一対）、香炉、花立て（一対）、リンを備え付けておりますが、納めることができるご遺骨の数は、納骨堂の形式によって違います。
　平常時の管理・清掃は徳源寺にて行っておりますので、ご遠方の方、お墓の管理が難しい方にもお勧めしております。納骨堂の使用を希望される檀信徒様は、ご相談をお願い致します。

 明治30（1897）年、塩谷村吉原から移転してきた際、現在の本堂と同時に落成されました。本堂と龍神堂が併置される形式は、明治以前に開創された北海道の曹洞宗寺院に見られる特徴となっています。龍神堂の祭神「八大龍王」は、漁業や海運業者たちの守護神であり、山形県の善寶寺から勧請されています。
 龍神堂には日本遺産でもある船絵馬のほか、明治時代に奉納された日本画が飾られております。